Καθορισμός μικροβιακού φορτίου με σκοπό τον προσδιορισμό του σταδίου της λοίμωξης και της απόκρισης μετά από θεραπεία με αντιβιοτικά.
Ακριβής γενετικός προσδιορισμός (τυποποίηση) του είδους και διαχωρισμός μεταξύ συγγενών βιοτύπων του κάθε μικροοργανισμού με σκοπό τον καθορισμό της αγωγής.
Ευαισθησία σε σύγκριση με τις μικροβιολογικές μεθόδους ανίχνευσης.